1590-luvulla Suomella oli kaksi isäntää: kuningas Sigismund Puolassa ja hänen setänsä herttua Kaarle Tukholmassa. Talonpoikia, jotka nousivat taloissaan majailevia sotilaita vastaan, surmattiin tuhansittain. Vuonna 1599 Kaarle mestautti viimeiset Sigismundin kannattajat Turun torilla.
Kaksi isäntää
- Kuningas kaukana. Juhana III kuoli vuonna 1592, ja hänen pojastaan Sigismundista, joka oli ollut Puolan kuningas vuodesta 1587, tuli myös Ruotsin kuningas. Hän oli katolilainen ja asui Puolassa Hyvin dokumentoitu.
- Setä kotona. Sigismundin setä herttua Kaarle oli protestantti eikä hyväksynyt katolista kuningasta. Vuonna 1595 Söderköpingiin kokoontuneet säädyt tekivät hänestä valtionhoitajan Hyvin dokumentoitu.
- Suomi sanoo ei. Suomen käskynhaltija Klaus Fleming pysyi uskollisena Sigismundille. Niin pysyi myös suurin osa Suomen aatelistosta, joka piti Kaarlea kapinallisena Hyvin dokumentoitu.
Nuijasota 1596–1597
- Linnaleiri. Pitkien Venäjän-sotien jälkeen Fleming piti sotilaansa Suomessa. Heidät majoitettiin taloihin niin sanottuun linnaleiriin, ja talonpoikien piti antaa heille asunto ja ruoka. Se oli kaikkein vihatuin rasitus Hyvin dokumentoitu.
- Nuijat miekkoja vastaan. Marraskuun 25. päivänä 1596 Pohjanmaan talonpojat nousivat kapinaan Jaakko Ilkan johdolla. Heitä oli 1 000–4 000, ja aseina olivat nuijat, varstat ja piikkinuijat. Sotilailla oli miekkoja, tuliaseita ja tykkejä Hyvin dokumentoitu.
- Lietsoiko Kaarle? Kaarle yllytti talonpoikia Flemingiä vastaan, mutta historioitsijat ovat eri mieltä siitä, kuinka paljon sillä oli merkitystä. Jotkut korostavat Kaarlen osuutta, toiset talonpoikien kokemaa vääryyttä Kiistanalainen.
- Murskattu. Kahdessa kuukaudessa surmattiin ainakin 1 500 ihmistä. Ilkka ja viisi muuta johtajaa teloitettiin 27. tammikuuta 1597. Helmikuun 24. päivänä viimeinen talonpoikaisjoukko tuhottiin Ilmajoen Santavuorella: yli 1 000 sai surmansa ja 500 vangittiin Hyvin dokumentoitu.
Flemingin kuolemasta verilöylyyn
- Fleming kuolee. Klaus Fleming kuoli äkillisesti Pohjassa 13. huhtikuuta 1597. Hänen leskensä Ebba Stenbock piti Turun linnaa Sigismundin puolella, kunnes Kaarle valtasi sen myöhemmin samana vuonna (aihe 2) Hyvin dokumentoitu.
- Sigismund häviää. Sigismund palasi Puolaan vuoden 1598 lopulla. Heinäkuun 24. päivänä 1599 valtiopäivät Tukholmassa erottivat hänet Hyvin dokumentoitu.
- Kaarle palaa. Elokuussa 1599 Kaarle palasi Suomeen, voitti Sigismundin kannattajat ja valtasi Viipurin. Viimeiset kuninkaalle uskolliset Turun linnassa antautuivat, kun Kaarle lupasi heille oikeudenkäynnin säätyjen edessä Hyvin dokumentoitu.
- Rikottu lupaus. Sen sijaan Kaarlelle uskollisista miehistä koottu 37 hengen oikeus tuomitsi vangit 9. marraskuuta 1599 Hyvin dokumentoitu.
- 10. marraskuuta 1599. Raatihuoneen edustan torilla mestattiin neljätoista miestä. Ensimmäisenä kuoli Flemingin nuori poika Juhana. Heidän päänsä asetettiin raatihuoneen seinälle Hyvin dokumentoitu.
- Kuningas Kaarle IX. Kaarle otti kuninkaan arvonimen vuonna 1604, ja hänet kruunattiin vuonna 1607 Hyvin dokumentoitu.
Vuonna 1599 teloitettujen miesten nimet tunnetaan, ja historioitsijat ovat kirjoittaneet nuijasodasta 1800-luvulta lähtien. Kuolleiden määrät ovat arvioita: nuijasodan ”yli 2 500” on vähimmäismäärä eikä tarkka luku.